Der legendäre Schwertkämpfer Kenshin Himura, hat nach der Meiji-Restauration aufgehört, mit dem Schwert zu töten. Er versucht ein friedliches Leben mit Kaoru Kamiya zu führen, die im Dorf eine Schwertkampfschule betreibt. Doch dieses nimmt ein jähes Ende, als sein Lieblingsrestaurant Akabeko zerstört wird. Kenshin Himura findet dort eine Notiz mit der Aufschrift "Junchu", die Unheil verspricht.