Angesiedelt ein paar Jahre vor Bubblegum Crisis Tokyo 2040, erzählt A.D. Police die Geschichte einer Spezialeinheit der Polizei von Mega-Tokyo, die für den Kampf gegen kriminelle Boomer, künstlich gebaute Lebewesen, ins Leben gerufen wurde. Nachdem der Partner von Kenji Sasaki einem Boomer zum Opfer gefallen ist, wird ihm der deutsche Polizist Hans Kleif zugeteilt. An diesen muss er sich nun erst einmal gewöhnen, um gemeinsam mit ihm den täglichen Kampf gegen die Boomer aufnehmen zu können.